基因改造生物具有某些原有生物所沒有亦或更好的性狀，如具抗乾旱、抗農藥或營養成分改變等特性，而由基因改造生物所製造或生產的食品，即稱為「基因改造食品」，目前基因改造食品大致區分為:基因改造微生物、基因改造作物與基因改造動物等三類。

基因改造食品的檢驗方法主要區分為兩類:

第一類檢測對象為基因，最常見的方法為聚合酶鏈鎖反應法(PCR)，其檢驗原理是藉由特殊酵素的作用，快速放大特定之DNA片段，最終將經過放大反應後的DNA片段，進行瓊脂膠體電泳（Agarose Gel Electrophoresis）分析，確認檢體是否為基因改造食品。

第二類方法檢測對象為蛋白質，包括酵素連結免疫吸附法(ELISA)及西方墨點分析法(Western blot analysis)。ELISA 檢驗原理是以單株或多株抗體與目標蛋白質結合，經過酵素及受質作用後產生呈色差異，依據此差異判讀檢驗結果。

另Western blot analysis 亦是利用抗體與目標蛋白結合，但檢驗結果係以發光化學物質所產生之光電比色差異來判讀。

針對基因改造食品之安全性已制定一套評估方法，此方法也將視國際規範的要求或新發現之科學證據，持續檢討修正，以保障民眾健康。

另也推動基因改造食品標示制度，規範業者清楚的標示產品，讓民眾知悉所購買的商品是否為基因改造食品，確保民眾「知」及「選擇」的權利。