衛生局配合市府災害應變中心1級啟動，同時啟動災害應變小組24小時運作提供市民緊急醫療服務；何局長啟功指示：衛生同仁務必全力協助衛生所做好洗腎病患及孕婦撤離與收容安置等工作，全力達成「零傷亡‧少災損」的防災目標。

衛生局於12日上午11時對本市高淹水潛勢區急救責任醫院、護理之家及各轄區衛生所發出災害整備應變通知，啟動應變機制做好防汛準備。重災區衛生所依高雄市緊急特殊病患預防災害避險應變作業準則，先行撤離洗腎病患及孕產婦，截至13日撤離之重災區洗腎病患計47人；孕婦2人，分別安置於適當地點。

截至（13）日12時衛生局災害應變小組掌握，各急救責任醫院共收治包括119救護車後送及市民自行就醫39人，其中災區撤離民眾就醫共10人，分別為國軍高雄總醫院8人、大東醫院1人及義大醫院1人；另83家護理之家包括一般護理之家63家，收容人數3,007人；精神康復及護理之家10家，收容人數512人；產後護理機構10家回報無災情發生。衛生局已分別於工兵學校及鳳山體育館收容所設置2處簡易醫護站，提供桃源及茂林區撤離民眾檢傷作業及評估身體狀況，需就醫者後送本市急救責任醫院，並主動與社會局聯繫，瞭解本市大型災民收容場所相關資訊，適時提供災難心理諮商輔導服務。

衛生局籲請市民朋友於災後清理家園時，務必穿戴手套、雨鞋、口罩等衛生護具，以免不慎受傷造成感染，室內積水清除後如有需要進行消毒，可就近向轄區衛生所領取消毒藥水，另飲用水一定要煮沸，避免飲用受污染之水引發腸道傳染病，同時也要呼籲市民朋友加強居家週圍及室內室外積水容器清除工作，確時做好「巡、倒、清」環境自我管理，如發現有大型積水容器孳生病媒蚊無法處理，可撥打1999請求協助，以減少病媒蚊孳生，預防登革熱疫情在雨後發生。

衛生局已於市府「災情資訊專區資訊」網站公告高雄市政府衛生局(所)諮詢電話、各轄區醫療機構資訊及遠離傳染病暨消毒水使用方法及注意事項等防疫訊息。